全区共有各类医疗卫生机构798家,其中区属医院7家,社区卫生服务中心20家。全区各医疗机构实际开放床位5222张,其中区属医院3505张。区属医院、社区卫生服务中心共有卫生技术人员7368人,其中执业医师3002人,注册护士3225人,同比分别增长8.9%、2.73%和6.4%。全年家庭医生累计签约服务43.41万人。
2020年6月2日,余杭区入选第五批国家慢性病综合防控示范区。